BionicCobotom može se upravljati intuitivno preko posebno razvijenog grafičkog korisničkog sučelja. Korisnici imaju izbor različitih unaprijed programiranih radnji, kao što su "Hvatanje", "Pohrana točke" ili "Kretanje" a da ih ne moraju sami unositi u složenom programskom jeziku. Korisnici su također pošteđeni postavljanja detaljnih postavki u prvom koraku, poput onih koji se koriste za postavljanje parametara. Softver automatski odabire standardne vrijednosti za parametre (varijabilne vrijednosti koje se moraju priopćiti softveru kako bi mogao riješiti tražene zadatke, na primjer brzinu kojom se pomiče robotska ruka), koje operater još može mijenjati.
Funkcije robota prikazane su u softveru s pomoću lako razumljivih simbola. To omogućuje operateru da povlačenjem i ispuštanjem odabere potrebne radnje na tabletu, stvori svojevrsnu vremensku traku i poreda ih proizvoljnim redom – baš kao u programu za uređivanje videa. Čak se i ponavljanja određenih sekvencija pokreta ili složeniji uvjeti ako-onda (if-then) mogu lako stvoriti i spremiti. Operater tada može vidjeti, bilo virtualno u simulaciji na tabletu ili u stvarnom kretanju, kako BionicCobot obavlja te sekvencije pokreta, odmah ispraviti sve pogreške u postupku ili prilagoditi pojedinačne parametre kao što je brzina.
Druga mogućnost programiranja je poučavanje. U tom slučaju operater prebacuje BionicCobota u ručni način rada (način balansiranja). To omogućuje operateru da slobodno pomiče Cobota i koristi se upravljačkim gumbima na robotu za spremanje određenih pozicija i sekvencija. Za vrlo precizne točke, kojima se ne može dovoljno precizno pristupiti s robotskom rukom u ručnom načinu rada, ove se precizne prilagodbe mogu napravii s pomoću D-pada na tabletu. Ako stručnjak želi programirati robota, može se također prebaciti na klasični način programiranja i upisati potrebne radnje kao kod.
Grafičko korisničko sučelje softvera ima sučelje za Robot Operating System (ROS). Ovdje se zbiva matematika: s pomoću spremljenih točaka izračunava se putanja kretanja robota i provjeravaju mogući sudari. Platforma otvorenog koda ROS ima sučelje za Festo Motion Terminal, preko kojeg se kontrolira kinematika robota s pomoću složene tehnologije upravljanja.