BionicCobot jest obsługiwany intuicyjnie za pomocą specjalnie opracowanego graficznego interfejsu użytkownika. Użytkownicy mają do wyboru różne zaprogramowane działania, takie jak "Chwyć", "Zapisz punkt" lub "Przesuń", bez konieczności samodzielnego wprowadzania ich w skomplikowanym języku programowania. Użytkownikom oszczędza się również dokonywania skomplikowanych ustawień już w pierwszym kroku, jak te służące do ustawiania parametrów. Oprogramowanie automatycznie wybiera standardowe wartości parametrów (wartości zmienne, które muszą być przekazane do oprogramowania, aby mogło ono rozwiązać wymagane zadania, na przykład prędkość, z jaką porusza się ramię robota), które operator może jeszcze zmienić.
Funkcje robota są ilustrowane w oprogramowaniu za pomocą łatwych do zrozumienia symboli. Dzięki temu operator może wybierać na tablecie wymagane akcje metodą przeciągania i upuszczania, tworzyć swoistą oś czasu i układać je w dowolne sekwencje - zupełnie jak w programie do edycji wideo. Nawet powtórzenia pewnych sekwencji ruchów lub bardziej złożone warunki typu "if-then" mogą być łatwo tworzone i zapisywane. Operator może wtedy zobaczyć - wirtualnie w symulacji na tablecie lub w rzeczywistym ruchu - jak BionicCobot wykonuje te sekwencje ruchów, natychmiast skorygować ewentualne błędy w procedurze lub dostosować poszczególne parametry, np. prędkość.
Inną opcją programowania jest uczenie. W tym przypadku operator przełącza BionicCobota w tryb ręczny (tryb balansera). Dzięki temu może on swobodnie poruszać cobotem oraz zapisywać określone pozycje i sekwencje za pomocą przycisków sterujących na robocie. Jeśli potrzebuje bardzo precyzyjnych punktów, do których nie może zbliżyć się wystarczająco dokładnie za pomocą ramienia robota, może dokonać tych precyzyjnych regulacji za pomocą panelu sterowania na tablecie. Jeśli ekspert chce zaprogramować robota, może również przełączyć się na klasyczny tryb programowania i zapisać żądane działania w postaci kodu.
Graficzny interfejs użytkownika oprogramowania współpracuje z Robot Operating System (ROS). To właśnie tutaj odbywa się matematyka: Korzystając z zapisanych punktów, obliczana jest ścieżka ruchu robota i sprawdzane są ewentualne kolizje. Platforma open source ROS z kolei posiada interfejs do Festo Motion Terminal, który służy do sterowania kinematyką robota przy użyciu złożonej technologii regulacyjnej.