BionicCobot se upravlja intuitivno s posebej razvitim grafičnim uporabniškim vmesnikom. Uporabnik lahko izbira med različnimi vnaprej programiranimi dejanji, kot so "zgrabiti", "shraniti točko" ali "voziti", ne da bi jih sam vnašal v zapleten programski jezik. Pri prvem koraku so uporabniku odvzete celo zamudne nastavitve, kot je določanje parametrov. Programska oprema samodejno izbere privzete vrednosti parametrov (vrednosti spremenljivk, ki jih je treba sporočiti programski opremi, da lahko reši želene naloge, na primer hitrost, s katero se premika robotska roka), vendar jih lahko upravljavec spremeni.
Funkcije robota so v programski opremi ponazorjene z razumljivimi simboli. Tako lahko upravljavec želena dejanja na tablici povleče in spusti v nekakšno časovnico in jih po želji naniza – podobno kot v programu za urejanje videa. Prav tako je mogoče preprosto sestaviti in shraniti ponovitve določenih zaporedij gibanja ali bolj zapletene pogoje če-potem. Nato lahko virtualno v simulaciji na tabličnem računalniku ali pri dejanskem gibanju vidi, kako robot BionicCobot izvaja to zaporedje gibov, in takoj popravi morebitne napake v zaporedju ali prilagodi posamezne parametre, na primer hitrost.
Drug način programiranja je poučevanje: v tem primeru upravljavec robota BionicCobot preklopi na način ročnega vodenja (način balansiranja). To mu omogoča prosto premikanje kobota ter shranjevanje določenih položajev in zaporedij z uporabo nadzornih gumbov na robotu. Če potrebuje zelo natančne točke, do katerih se ne more ročno približati z robotsko roko, lahko te fine prilagoditve izvede s krmilno ploščico na tabličnem računalniku. Če želi strokovnjak programirati robota, lahko preklopi tudi na klasični način programiranja in želena dejanja zapiše kot kodo.
Grafični uporabniški vmesnik programske opreme je povezan z operacijskim sistemom za robote (ROS). Tu se uporabi matematika: na podlagi shranjenih točk se izračuna pot gibanja robota in preverijo morebitni trki. Odprtokodna platforma ROS pa ima vmesnik s terminalom Festo Motion Terminal, ki se uporablja za krmiljenje kinematike robota z uporabo kompleksne regulacijske tehnologije.