BionicCobot được vận hành trực quan thông qua giao diện người dùng đồ họa được phát triển đặc biệt. Người dùng có thể chọn từ các hành động được lập trình sẵn khác nhau như "lấy", "lưu điểm" hoặc "lái xe" mà không cần phải nhập chúng bằng một ngôn ngữ lập trình phức tạp. Các cài đặt tốn công sức như tham số hóa cũng được đỡ đần cho người dùng trong bước đầu tiên. Phần mềm tự động chọn các giá trị tiêu chuẩn cho các tham số (các giá trị biến phải được thông báo cho phần mềm để phần mềm thực hiện các tác vụ mong muốn, chẳng hạn như tốc độ mà cánh tay robot di chuyển), nhưng chúng có thể được thay đổi bởi nhà điều hành.
Các chức năng của robot được minh họa trong phần mềm bằng các ký hiệu dễ hiểu. Bằng cách này, người vận hành có thể kéo dựa trên kéo và thả các hành động mong muốn trên máy tính bảng vào một loại dòng thời gian và xâu chuỗi chúng lại với nhau theo ý muốn - tương tự như một chương trình chỉnh sửa video. Thậm chí, sự lặp lại của các chuỗi chuyển động nhất định hoặc các điều kiện nếu-thì phức tạp hơn có thể được kết hợp với nhau và lưu lại một cách dễ dàng. Sau đó, nó có thể xem cách BionicCobot thực hiện chuỗi chuyển động này, hoặc ảo trong mô phỏng trên máy tính bảng hoặc trong chuyển động thực tế, khắc phục bất kỳ lỗi nào trong quá trình ngay lập tức hoặc điều chỉnh các thông số riêng lẻ như tốc độ.
Một tùy chọn lập trình khác là dạy học: Người vận hành BionicCobot sau đó chuyển sang chế độ cầm tay (chế độ cân bằng). Điều này cho phép anh ta di chuyển cobot một cách tự do và lưu các vị trí và quy trình nhất định bằng cách sử dụng các nút điều khiển trên robot. Nếu anh ta cần những điểm rất chính xác mà anh ta không thể tiếp cận đủ chính xác bằng tay bằng cánh tay robot, anh ta có thể thực hiện những điều chỉnh tốt này bằng cách sử dụng một bảng điều khiển trên máy tính bảng. Nếu một chuyên gia muốn lập trình robot, anh ta cũng có thể chuyển sang chế độ lập trình cổ điển và viết các hành động mong muốn dưới dạng mã.
Giao diện người dùng đồ họa của phần mềm có giao diện với Hệ điều hành Robot (ROS). Đây là nơi diễn ra phép toán: đường di chuyển của robot được tính toán dựa trên các điểm đã lưu và các va chạm có thể xảy ra được kiểm tra. Đến lượt mình, nền tảng mã nguồn mở ROS có giao diện với Festo Motion Terminal, sử dụng tự động hóa công nghiệp phức tạp để điều khiển chuyển động của robot.